新港生產基地全自動化高架立體倉庫及質量控制中心大樓于2009年5月18日落成。
該大樓在設計上注重技術先進性與經濟實用性的有機結合，力求富有個性和時代氣息。建筑風格與原一期和二期工程相協調，突出圣和廠區風貌的原有特點，在建筑細部、形體、空間布局上有所創新，注重立面造型和室內內環境的高品質要求，功能區域安排細致合理，以滿足質量控制、倉儲和生產的要求，并為工作人員提供了一個合理、宜人的辦公與工作場所。
醫貿公司庫房及辦公用房是該建筑物主要設施之一，凈高16.5米的全自動高架庫房，實現了倉庫管理、設備監控和數據采集系統的智能化，使入庫、出庫、移庫、盤點、養護、抽檢等貨物的運轉過程均實現電腦控制。位于東側的卸貨平臺區域采用11米大跨度井字梁，三個電動控制活動卸貨平臺，空間大，自動化程度高。上述設施給人以較強的現代感，在南京制藥企業也是為數不多的。
藥業公司質量控制中心在建筑南側二、三兩層，三層的實驗室部分采用大玻璃隔斷、大空間、舒適性空調和現代的實驗室通風系統，為實驗人員提供了整潔、明亮、舒適的工作環境。二層留樣室大型貨架整齊排列，按照GMP要求安裝的溫濕度控制設施，確保對留樣產品質量的觀察與準確認定。
建筑內的辦公區域基本采用玻璃隔斷、大開間的方式，配合水系統舒適性空調，辦公采光通風效果好，大方氣派，形成較佳的辦公場所。建筑外觀與原廠區建筑相吻合，與原廠區風貌融為一體。該建筑的落成為我公司提升生產能力和銷售規模提供了發展空間，為產品質量控制提供了更優越的工作環境，亦已成為企業對外的又一個亮點。
全自動倉庫及質量控制中心大樓是新港生產基地的第三期建設項目，建筑面積6440平方米，建筑高度18.4米，由南京中外工程設計與顧問有限公司設計，南京第四建筑工程公司承建，南京工大建設監理公司監理。該項目上部工程于2008年11月開工，由置業公司具體負責該項目的實施工作，在工程技術人員的努力下，克服了工期緊、高架庫技術要求高和春節后連續20余天陰雨的困難，如期完工，為確保小針及中藥提取GMP認證提供了較好的工作環境。